SZTE și PTE cercetează împreună aspectele genetice ale Covid-19

Grupul comun de cercetare al Universității din Szeged și Pécs mapează legăturile dintre genetică și severitatea Covid-19.

- În proiectul Covid-19 HUNGEN, aș dori să aflu dacă genetica noastră determină evoluția unei infecții cu coronavirus la un individ: nici măcar nu observăm că am prins coronavirusul, sau că avem simptome ușoare sau o severă se dezvoltă complicații - a explicat scopul studiului de către prof. univ. dr. Márta Széll este biolog molecular, șeful Institutului de genetică medicală al Facultății de Medicină Generală a Universității din Szeged, liderul profesional al proiectului comun de cercetare al Universității din Szeged și Covid-19 HUNGEN.

În aprilie, cercetătorii de la Universitatea din Szeged și Universitatea din Pécs au elaborat un plan de proiect care descrie în detaliu metoda, criteriile de selecție și excludere care ar fi utilizate pentru colectarea probelor de la 1.000 de pacienți infectați cu Covid și modul în care ar fi procesate . S-a emis ipoteza că ar trebui să existe factori predispozanți pe bază genetică, care să contribuie la dezvoltarea bolilor severe la acești tineri, co-infectați cu indivizi infectați cu Covid.

Dacă se suspectează infecția cu Covid-19, o probă este prelevată din faringe și apoi confirmată printr-o așa-numită metodă de reacție în lanț a polimerazei (PCR). Din cei infectați confirmați, cercetătorii mai iau încă o răzuire faringiană pentru a determina întregul genom al virusului. Acidul nucleic izolat al virusului este plasat în biobanca Universității din Szeged - face parte din colectarea probelor dezvoltate în timpul studiului - iar determinarea secvenței a fost efectuată la Universitatea din Pécs de către dr. Este realizat de Attila Gyenesei și grupul său de cercetare.

În plus față de resturile faringiene, sângele este preluat de la fiecare pacient și se efectuează trei tipuri de teste asupra sângelui prelevat. Acestea răspund, de exemplu, în măsura în care corpul unui individ a răspuns la o infecție virală prin activarea așa-numitului răspuns imun umoral. Într-un alt studiu, ARN-ul total este izolat dintr-o probă de sânge pentru a determina modul în care profilul de expresie genică al pacientului se schimbă în circulație ca urmare a infecției, adică ce gene sunt activate și care gene sunt reduse la tăcere și în ce măsură ca rezultat de infecție. În cel de-al treilea tip de test, ADN-ul genomic este izolat dintr-o probă de sânge. Secvențierea completă a exomului se efectuează din ADN-ul genomic izolat, astfel încât secvența completă a genei pacientului care codifică douăzeci și o mie de proteine este determinată pentru fiecare pacient.

Cu acest studiu la scară largă și compararea secvenței, folosind genomii de referință, cercetătorii speră să poată identifica genele și variantele din genele moștenite și despre care se crede că determină și/sau influențează evoluția bolii după infecția cu Covid.

- Ca rezultat al studiului nostru, sperăm să creăm o bază de date complexă care să conțină datele anamnestice și fiecare parametru al evoluției bolii pentru fiecare dintre mii de pacienți infectați eșantionați și să creăm o colecție de probe pentru fiecare pacient din cei patru tipuri de probe. Acest lucru va fi asigurat de activitățile noastre de biobancare existente la Universitatea din Szeged, care vor fi modernizate la o scară din ce în ce mai mare în conformitate cu aspirațiile noastre actuale. Acest lucru ne va oferi o colecție extrem de complexă de probe de biobancă pentru 1000 de pacienți infectați cu Covid - a spus Márta Széll.

Protocolul dezvoltat definește în mod clar împărțirea muncii între cele două universități. Universitatea din Szeged își asumă cea mai mare parte a activității de biobancare în această lucrare, iar Universitatea din Pécs se ocupă de laboratorul de secvențiere. Analizele de secvență sunt efectuate în comun de cele două universități, deoarece ambele universități au o mare experiență în prelucrarea fie a datelor genomice umane, fie a datelor genomice virale, precum și în analiza și evaluarea așa-numitelor date transcriptomice.

- Vom crea o colecție complexă de eșantioane de 1000 de pacienți Covid, cu toate acestea, am înregistrat, de asemenea, că într-un pilot inițial de 1000 de pacienți, vom prelucra datele a doar 200 de pacienți și apoi, după analizarea datelor a 200 de pacienți, vom determinăm că adiționalul 800 adâncimea și direcția în care vom continua să procesăm prelucrarea datelor pacienților - a adăugat șeful Institutului de Genetică Medicală al Universității din Szeged.

Sarcina este imensă și unică. Cercetătorii din Szeged și Pécs speră că după prelevarea probelor și prelucrarea de laborator a primilor 200 de pacienți, procesarea genetică, transcriptomică, serologică și virală a analizei complexe poate fi finalizată în prima jumătate a anului 2021, conform calculelor noastre cele mai optimiste. . „Acestea sunt sarcini extrem de complexe și complexe, a căror performanță și control necesită munca foarte bine coordonată a colegilor din Pécs și Szeged pentru a sprijini acest proiect la scară foarte mare”, a adăugat profesorul de genetică de la Universitatea din Szeged.